Rekuperator zamontować można wykonać w trzech wariantach: na poddaszu, w przestrzeni mieszkalnej lub w piwnicy. Każda z lokalizacji posiada pewne wady i zalety, o których należy pamiętać.
Rekuperator na poddaszu to przede wszystkim prosty montaż rekuperatora i przewodów powietrza (świeżego i zużytego) oraz możliwość stosowania krótkich przewodów wentylacyjnych. Decydując się na zlokalizowanie rekuperatora na poddaszu powinno się zabezpieczyć rekuperator oraz przewody przed zamrożeniem. W tym celu należy wykonać skuteczną izolację tych elementów.

Rekuperator w piwnicy – uzyskujemy łatwość przyłączenia do instalacji gruntowego wymiennika ciepła. Plusem tej lokalizacji jest, w większości przypadków, łatwe wydzielenia miejsca pod montaż rekuperatora. Niestety decydując się na montaż rekuperatora w piwnicy można zetknąć się z problemem doprowadzenia do urządzenia świeżego powietrza.

Rekuperator w przestrzeni mieszkalnej zlokalizowanie rekuperatora w przestrzeni mieszkalnej chroni urządzenie przed zamrożeniem i w sposób nieskomplikowany można zaplanować instalację odprowadzającą kondensat. Jednak w przypadku wykonania niedostatecznej izolacji istnieje ryzyko przeniesienia hałasu pracy urządzenia do pomieszczeń mieszkalnych. Utrudnienia mogą wystąpić przy wytyczaniu lokalizacji kanałów wentylacyjnych powietrza świeżego i zużytego. Decydując się na wybór miejsca do montażu rekuperatora w przestrzeni mieszkalnej należy liczyć się z koniecznością przeznaczenia odpowiedniego pomieszczenia. Z tych powodów rozwiązanie to dedykowane jest przede wszystkim dla domów niepodpiwniczonych, parterowych bez poddasza.

Miejsce montażu rekuperatora powinno zapewniać swobodny dostęp do urządzenia – przy okresowych pracach konserwacyjnych lub w razie wystąpienia awarii. Jego lokalizacja powinna zapewniać także swobodny odpływ kondensatu. Temperatura pomieszczenia przeznaczonego do montażu powinna być wyższa niż 5 °C. Przy montażu warto zadbać o odpowiednie zabezpieczenie przed przenoszeniem się dźwięków i drgań do pomieszczeń mieszkalnych.